补充信息

补充图 1：模糊对齐的删除检测算法。

示例显示了应用于单个短读取的不明确删除检测算法。（a）参考序列和对齐读取。（b）删除内容被“折叠”，周围的序列被存储起来。（c）缺失在其 Bowtie2 报告的位置的上游和下游重新定位，最多达到其长度所剩无几的核苷酸。（d）重新定位的缺失部分被“折叠”，周围的序列与原始的周围序列相比。在任何重新定位中，如果不存在与原始周围序列的不匹配，则表明存在备用的有效缺失放置。

补充图 2：模糊对齐的删除删除。

（a）细菌 16S rRNA 的一部分的 SHAPE 反应性，通过逆转录鉴定为引物延伸的停止，通过使用荧光标记引物的毛细管电泳读出。（b）使用逆转录通读 SHAPE-MaP 策略（包括模糊缺失去除算法）获得的 16S rRNA 相同区域的 SHAPE-MaP 反应性。（c）来自同一实验的反应性，但经过分析，省略了含糊不清的缺失去除。橙色箭头突出显示了与毛细管电泳实验不一致的核苷酸反应性。

补充方法一：软件安装（ShapeMapper）

本指南假设用户熟悉基本的 Unix/Linux 命令，以更改目录、提取存档文件、移动文件、显示和编辑文本文件以及运行可执行文件。这些步骤只需执行一次。示例数据在SRP052065。

从 www.chem.unc.edu/rna/software.html 获取最新版本的 ShapeMapper

将 ShapeMapper 文件提取到任何目录。

将此 ShapeMapper 目录位置添加到系统 PATH（请参阅支持协议 2）。

构建 C 和 C++ ShapeMapper 模块。

从命令行终端浏览到 ShapeMapper 目录。
执行命令“make”。

确保 ShapeMapper.py 和 pvclient.py 的文件，用户具有可执行权限。如果没有，请使用“chmod”命令添加可执行权限。

验证或安装所有非可选的第三方程序（请参阅表 1）。

确保系统 PATH 中存在 bowtie2、可执行文件、bowtie2-build 和 bowtie2。

如果对结构体进行建模，请安装 RNAstructure，添加到系统 PATH，并将 RNAstructure/data_tables 文件夹添加到系统 DATAPATH（参见支持协议 2）

如果渲染二级结构并运行 python 2.6，请安装 python 模块“httplib2”。

如果呈现辅助结构，请确保 Internet 连接处于活动状态，以查询伪查看器 Web 服务。